黑斑病和锈斑病是金针菇栽培常见的两种病害。既影响产量，又影响品质。其防治方法分别如下：
       一、黑斑病。黑斑病是一种由假单孢杆菌引起的细菌性病害。该病菌广泛存在于土壤、空气及水中，可通过漂浮进入菇房。也可由酒水、人工操作及昆虫传染。发病后金针菇菌盖出现椭圆形褐色或深褐色斑点，初为针尖点状，扩大后直径达2-4毫米，边缘整齐，时时菌盖开裂。该病以危害菌盖为主，偶尔也侵害菌柄。患病的菌盖再传播到相邻的子实体，严重时整个菌盖变成黑色，有轻微的臭味。病重时影响金针菇产量，菌盖颜色变黑还影响商品性。发病重时金针菇失去食用价值。
        防治方法：防治金针菇黑斑病最重要的是控制适宜的温、湿度，菇房洒水时，不可将水直接洒在金针菇子实体上，特别不可用冷水喷洒，否则会使菌盖吸水过多，诱发黑斑病的发生。菇房内湿度不宜长时间超过90％，要看天气变化洒水，晴天洒水掌握轻、勤、细，阴雨天少洒或不洒。每次洒水后要加强通风，然后再覆盖地膜。出菇期间室内气温应调至17℃以下。要合理安排好接种时间，使出菇时间在日常温度未升至19℃以上结束。发病后要及时将病菇摘除，并喷洒每毫升含100-200单位的农用链霉素，或漂白粉600倍液。
         二、锈斑病。锈斑病是由假单孢菌引起的，感病金针菇菌盖产生锈色斑点。引起锈斑病的假单孢菌和黑斑病相似，主要侵染金针菇菌盖。初期为针头状，后扩大成芝麻粒大小，边缘不整齐，病斑之间又能互相联合成不规则的大锈斑。该病的病原菌在自然界分布广，存在于培养料及漂浮的空气中，在高温高湿、通风不良等条件下锈斑病易发生，先感染培养料，然后沿子实体传播到菌盖造成斑点。
        防治方法：为预防锈斑病，菇房洒水时不要直接洒向子实体，防止料面出现积水。洒水后要及时通风，室内空气相对湿度不要长时间超过95％，菌袋表面覆盖地膜要待子实体水分凉干后再盖。发病初期，防止病菌向健康子实体蔓延，并用50％多菌灵800倍液或每毫升含100-200个单位的农用链霉素喷洒防治。