为害食用菌的线虫有多种，其中滑刃线虫以刺吸菌丝体造成菌丝衰败，垫刃线虫在培养料中较少，但在覆土层中较普遍。蘑菇受线虫侵害后，菌丝体变得稀疏，培养料下沉、变黑，发黏发臭，菌丝消失而不出菇，幼菇受害后萎缩死亡。香菇脱袋后在转色期间受害，菌筒产生“退菌”现象，最后菌筒松散而报废。银耳受害后造成鼻涕状腐烂。线虫数量庞大，每克培养料的密度可达200条以上，其排泄物是多种腐生细菌的营养。这样使得被线虫为害过的基质腐烂，散发出一种腥臭味。由于虫体微小，肉眼无法观察到，常误认为是杂菌为害，或是高温烧菌所致。
    防治方法如下：
    （1）适当降低培养料内的水分和栽培场所的空气湿度，恶化线虫的生活环境，减少线虫的繁殖量，也是减少线虫为害的有效方法。
    （2）强化培养料和覆土材料的处理：尽量采用二次发酵，利用高温进一步杀死料土中的线虫。
    （3）使用清洁水浇菇：流动的河水、井水较为干净，而池塘死水含有大量的虫卵，常导致线虫泛滥为害。
    （4）药剂防治：菇净或阿维菌素中含有杀线虫的有效成分，按1 000倍液喷施能有效地杀死料中和菇体上的线虫。
    （5）采用轮作制：如菇稻轮作、菇菜轮作、轮换菇场等方式，都可减少线虫的发生和为害程度。