菇房和菇架每季用完后都要消毒。老菇房的菇架、地面、墙面的空隙等地都能隐藏大量的病原菌和杂菌的孢子，当新料进房，温湿度适宜时，这些孢子就会萌发，形成新的侵染源和污染源，对下季菇造成为害。菇架消毒常采用如下方法：
    （1）暴晒。废料清出后，将菇房彻底打扫干净，能够拆除的物件全部移出室外，先用清水清洗，然后在阳光下曝晒，或用0?1%高锰酸钾溶液浸泡半天后再晒干。清洁后的菇房要打开门窗，充分通风换气和干燥。
    （2）喷石灰水。通风后，在墙壁、床架立柱和屋顶涂一层石灰浆或石灰水，地面撒一次石灰粉或喷洒石灰水。
    （3）如果在上一个栽培季节出现严重的病虫害，废料清出前用5%氟虫腈（锐劲特)1 000倍液喷雾，喷雾量每100米2为1.5~2.0克，进行一次灭虫，喷洒密闭72小时后再行清除。废料清出后再行菇架的拆除清洗，然后进行二次灭虫。