对已经发生污染的菇棚，打开全部通风口及进出口加强通风，同时喷洒“百病去无踪”，然后再处理污染菌袋。对斑点性污染，采取100倍“消霉王”溶液注射杀灭措施，如杂菌孢子系从基料内萌发则提高浓度至50倍左右，并深插针头，使药液自内向外渗出，杀灭效果可达100％，对斑块性污染亦可采取注射药物的方法，但应加大药量。溶液注射杀灭应注意，针头插入点应在污染点的偏上方，斜向插入并注射后，使污染点处靠近地面。连片性污染难以注射药物时，可将污染处塑膜切开十字口，掀开塑膜，涂刷药液，这只适应基料表面萌发的杂菌，并须早发现。否则，可直接撒药粉，然后将塑膜归位，其杀灭效果良好。对菌袋50％左右面积的污染，可视情况灵活处理，如食用菌苗丝已发至大半以上，即基料已经被菌丝相连，可去除塑袋，对配150倍“消霉王”溶液予以浸洗菌柱，然后覆盖塑膜予以发菌培养；如污染发生偏重、食用菌菌丝数量较少，可对菌袋纵向切开3至5条口，松动塑膜后浸洗，时间稍长一些，然后静置发菌。

    若是大面积发生污染、污染时间超过15天、污染菌袋占到70％左右时，则该批菌袋几乎无保留价值，将菌袋全部清理出棚后，有两个处理办法:①搭设遮阳棚，进行正常的消杀处理后，将未污染或污染较轻的菌袋进行药物处理，置于遮阳棚下发菌培养，将失去培养价值的直接沤肥；②将污染袋进行倒料，趁晴好天气，按干料重的 2％加入石灰粉，拌匀后予以晒干，作为熟料栽培或发酵料栽培原料。清棚后，彻底清理卫生，间隔2天连续喷洒2遍“百病去无踪”，并揭掉草苫等覆盖物，关闭所有通风孔及进出口，予以闷棚处理，经2天左右高温闷棚，即可达到较理想的杂菌杀灭效果，然后即可重新进袋培养。