金针菇菌瘤大多数在第一茬菇采收后，第二茬菇未形成时出现。形成时从栽培袋内部出现菌瘤块，逐步长大，看上去小的如蚕豆，大的如鸡蛋。菌瘤表面呈细小根瘤状颗粒，每个颗粒表面光滑，外形不规则，大小不一。有单独一块，也有几块连在一起。前期较硬，后期一般在18℃以上时开始慢慢腐烂。生长前期不易发现，中期露出培养基表面或把栽培袋胀起才能发现。形成瘤状菇的原因，主要是在装袋或运输等环节中操作不当，使一些栽培袋内部有空隙或裂缝。在空隙中培养基有充足的营养，适宜的温、湿度，子实体原基就在栽培袋内部的空隙中形成。由于空隙中其他条件不能满足正常子实体的生长，迫使子实体原基在空隙中再生，越生越多、越大，就形成了菌瘤块。金针菇菌瘤在生产过程中吸收大量的营养和水分，而早期又不易被发现，中期生产速度又快，使栽培袋表面的健壮子实体不能正常生长，并逐步萎缩。即使能长出几根金针菇。生长也非常缓慢，而且菇体瘦弱。出现菌瘤后，无法再长出正常的子实体。
    防治方法是：装袋时培养料装得要均匀，松紧一致；在运输、排放等工作中，要轻拿轻放、不要堆放，减少栽培袋的内部破裂；科学管理，及时转潮，促使子实体迅速生长发育。