食用菌最常见和危害较严重的杂菌主要有木霉、链孢霉、毛霉、曲霉、青霉、细菌等20多种。
    木霉。木霉俗称绿霉，几乎能为害所有的食用菌，其对食用菌的为害表现为：（1）污染培养料与食用菌争夺营养和空间；（2）分泌霉素杀伤、杀死寄主；（3）木霉菌丝接触到寄主菌丝时将寄主菌丝缠绕切断。防治：开展综合防治工作。（1）培养室、栽培场所应保持低温，空气相对湿度控制在85%左右，并保持清洁卫生，通风良好；（2）一旦发生木霉为害，要立即通风降湿、菌筒感染初期，可采用2%醛溶液或30%-5%的石碳酸注射，抑制木霉的扩张。部分感染成熟的菌筒可挖除污染部位，在处理部位上撒施石灰粉或石硫合剂或波尔多液等，也可用多菌灵，施保功，甲基托布津等杀菌剂防治。如用50%多菌灵1000们拌料可预防木霉的发生，但不宜在猴头、木耳、银耳上使用多菌灵。
    链孢霉 。链孢霉俗称红粉病，红面包霉病，为食用菌生产中常见杂菌，可污染所有的食用菌，是一种顽强、速生的气生霉菌，培养料受污染后，还在料面迅速形成橙红色或粉红的霉层。防治：尽量避开闷热，潮湿的夏季高温期进行生产，注意搞好环境卫生。一旦出现桔红色块状分生孢子团，用湿布或湿纸小心包好拿掉，浸入药液中或深埋，切勿用喷雾器直接对病菌喷药，以免孢子飞散；也可及时滴上适量的甲醛，煤油或柴油，然后用薄膜包扎，可使霉糜烂死亡。发菌后期受害，可将受害菌袋埋入深30-40厘米透气差的土壤中，经10-20天缺氧处理后，能减轻病害可出菇。多菌灵、施保功等杀菌剂可控制链孢霉的生长。
    曲霉与青霉 。曲霉俗称黄霉、绿霉、黑霉等。曲霉的种类很多。黑曲霉的菌落为黑色疏松的果粒状；黄曲霉黄色、黄绿色，最后呈褐绿色；灰绿曲霉初白色后呈灰绿色；青霉，其种类多、菌落呈灰绿色、黄绿色或蓝色粉状霉层。曲霉、青霉均属常见的杂菌，它们与食用菌争夺营养、水分，并分泌霉素抑制食用菌生产。防治：加强培养室的通风、降低温度，减少空气相对湿度，可减轻危害，局部发生可用5%-10%的石灰水冲洗，其它防治方法可参考木霉防治。