鸡腿菇培育过程中常发生一种具有较强竞争力的杂菌，因其子实体形似鸡爪，因此被称为鸡爪菌。鸡爪菌常发生于鸡腿菇出菇阶段的中后期，轻的造成减产，重的造成二、三茬菇绝收。防止鸡爪菌危害应采取以下措施。
    处理培养料　目前生产上多用发酵料栽培鸡腿菇，培养料在使用前要充分曝晒。
    培养料发酵　按配方比例混合培养料，调节含水量至65％～70％。料堆宽12～1.5米，高0.8～1米，长度不限，盖薄膜保温保湿。培养料中心温度上升至65～70℃时翻堆，将中间的培养料翻到两边，将外面的培养料翻到中间，料温重新升至65～70℃时再次翻堆，一般翻堆1～2次。发酵结束后重新调整培养料含水量至60％～65％，pH值7.5～8。
    实行轮作　通过轮作可以减轻病虫危害。如果春、秋季连种鸡腿菇，会引起鸡爪菌大发生。
    覆土处理　覆土应选择没有培育过鸡腿菇的土壤，最好是20厘米以下的深层土。覆土过筛后加入1％石灰粉，每100公斤土喷施5～10公斤甲醛1000倍液，起堆用塑料膜压严；闷24小时。
    床面处理　发好菌的鸡腿菇菌棒入床前，认真清理床面，用石灰水喷洒床面和四壁，并喷施90％晶体敌百虫1000倍液预防地下害虫。
    药剂防治　发生鸡爪菌后，将杂菌连带下面的培养基一起清除，带出棚外深埋。同时在杂菌危害部位四周撒施生石灰，并用50％多菌灵可湿性粉剂700～800倍液或75％百菌清可湿性粉剂500～700倍液喷雾。