近几年鸡腿菇栽培过程中普遍发生一种具有较强竞争能力的杂菌，因其子实体形似鸡爪，常被称为“鸡爪菌”。该菌常发生于鸡腿菇出菇阶段的中后期，轻者减产，重者二、三潮菇绝收。以下是在实践中总结出来的防治“鸡爪菌”的几项措施，
    一、培养料的处理。培养料在发酵前各种成分都要打碎、磨细，晒3－4天，尤其是有的配方中加入畜禽粪类，若不经过充分日晒是不能使用的。建堆时首先把所需各种成分混合均匀，加水把含水量调至65－70％。建堆时堆宽12－ 15米，高 0.8－1.0米，自然成梯形纵向延长。在堆的腰部隔30－40厘米，用直径3－4厘米的木棍平行打两排洞。当料中心温度上升到60－65℃以上开始计时，24小时后翻堆，复堆后当料中心温度重新上升到60－65℃以上时，再经过24小时发酵结束，随后应重新调整培养料含水量60－65％。
PH 7.5～8。
    二、栽培场地要施行轮作。鸡腿菇收获完毕彻底清理床面，有条件的可施行一年以上轮作以减轻病虫危害。利用日光温室栽培鸡腿菇时，夏茬可种一茬玉米或大豆。如果春茬种植鸡腿菇后，紧连着种植秋茬，往往会引起鸡爪菌的大发生。
    三、覆土处理要严格。鸡腿菇不覆土不出菇。覆士要选择远离栽培场地从未种过鸡腿菇地块的土壤，最好是20厘米以下的深层土。覆土要过筛加入1％石灰粉，每百公斤上喷施1000倍甲醛溶液5－1O公斤起堆，用塑膜压严闷24小时即可施用。
    四、及时防治。“鸡爪菌”一旦在床面发生，要及时连带下面的培养基一块清除掉，放入塑料袋中带出棚外深埋。发生“鸡爪菌”的四周撒施生石灰粉。药剂防治可用50％多菌灵700－800倍液或75％百菌清500－700倍液喷雾。