畸形菇是平菇生产中较为常见的生理性病害，严重影响平菇的产量和质量，甚至完全丧失商品价值。这种病害主要是管理不当造成的，少数是由菌种退化、变异、病毒感染所致。 畸形菇主要类型有： 1.高脚菇菌盖小，分化较差，菇柄较长。发生的原因是原基形成及分化期畸形菇是平菇生产中较为常见的生理性病害，严重影响平菇的产量和质量，甚至完全丧失商品价值。这种病害主要是管理不当造成的，少数是由菌种退化、变异、病毒感染所致。
    畸形菇主要类型有：
    1.高脚菇菌盖小，分化较差，菇柄较长。发生的原因是原基形成及分化期，菇房缺氧，光照不足，同时温度偏高，影响了菌盖的正常分化和发育。防治方法：加强通风，调节光照和温度。
    2.瘤盖菇菌盖表现，主要是边缘有许多颗粒状突起、色浅，菇盖僵硬，生长迟缓，严重时菇盖分化较差，形状不规则，原因是菇体发育温度过低，持续时间较长，致使内外层细胞生长失调。防治方法：调节菇房温度在平菇生长最低温界限以上，并有一定温差，促进菇体生长、发育、分化。
    3.菜花菇菇形象菜花，多分枝，初期原基呈蛋形，膨大、隆起、不分化。后期有多分枝。原因是出菇前或出菇期间菇床或菇房喷洒了高浓度的农药，尤其是“敌敌畏”，幼菇极敏感最易引起这种病害。也可能是菇房含有其他有害气体：如二氧化碳浓度过高、燃煤释放二氧化硫等。防治方法：菇房慎用农药，使用时浓度不可过高。尤其出菇期绝对不允许使用敌敌畏，加强通风换气、排出有害气体。
    4.萎缩菇菇体初期正常，在膨大期即泛黄、水肿状或干缩状，而停止生长，最后变软腐烂。水肿状原因是湿度过大或有较多的水直接喷在幼小菇体上，使菇组织吸水，影响呼吸及代谢而停止生长死亡。干缩状是因为空气相对湿度较小，通风过强，风直接吹在菇体上，使平菇失水而死亡。或者培养基营养失调，形成大量原基后，有部分迅速生长，其余由于营养供应不足而停滞。防治措施：控制湿度在80～85%之间，不要向幼小菇体上喷水，不让风直接吹在菇体上。合理配比培养料成分。少数萎缩菇是由于菌种退化，症状是菌盖尚未长足够大即反卷、发黄、萎缩。防治方法：选用优良品种。
    5.珊瑚菇原基分化不正常、松散、多细小分支，形状象珊瑚。原因是原基发生时，严重通风不良，光照极弱，氮源欠缺。防治：加强通风和光照调节碳氮比例，添加氮源。