1、菇蝇：幼虫又称菌蛆，主要取食子实体造成隧道而影响品质，且造成的伤口还很易被病菌感染而腐烂。防治菇蝇在不同时期应采用不同方法。此菇前有菌蛆大量发生，可用敌敌畏按0.90千克/100平方米的量进行熏蒸，同时在每个培养块上再喷0.15千克的1%氯化钾或氯化钠溶液（可用5%食盐水代替）；出菇后有菌蛆为害可喷鱼藤精、除虫菌酯，烟碱等低毒农药。（烟碱可自制：取0.50千克烟梗，加水5千克煮沸后取溶液喷洒）。此外还应加强通风，调节棚内温湿度来恶化害虫生存环境，达到防治其为害的目的。
    2、菇蚊：菇蚊以幼虫期为害最大，除在培养料表面蛀食外，有的还结网罩住菇蕾，使菇体不能正常生长。防治方法：采收后喷500―800倍的敌百虫，同时在菇棚门和窗口处还要加上尼龙纱以防成虫飞入产卵、繁殖为害。
    3、菌虱：是一种螨类，个体很小，爬行较快，主要取食子实体和菌丝造成危害。防治时首先应杜绝虫源浸入菇棚，因其主要来源于仓库、饲料间的各种饲料里，所以利用仓库，鸡舍等作为养菌室时要彻底消毒，并用石灰刷墙，使用前再用敌敌畏熏蒸1次；培养期间发现菌虱可用棉球沾50%敌敌畏悬挂熏蒸或喷施1%硫酸尼古丁溶液，也可用猪骨头等带腥味的东西喷上亚硫磷等农药后放在培养块附近，把菌虱引诱上去，再取出后烧掉或用开水烫死。
    4、线虫：线虫是一种无色的小蠕虫，体形极小，仅1毫米左右。幼虫侵害菌丝体和子实体，开始时菌盖变黑，以后整个子实体全变黑腐烂并有霉臭味。防治方法：蒸料时要使蒸汽充分接触培养料，以杀死全部线虫。出菇后，可用50毫克/千克的硫化锌喷施培养块来防治其为害。