在香菇生产过程中，常受到杂菌危害，生产上应注意防治杂菌。
    木霉 又称为绿霉菌。木霉侵害香菇培养基时，初为白色棉絮状，后期变成绿色。菌种如果被木霉危害，必须报废。对木霉至今没有理想的防治药物，创造适合香菇菌丝生长而不利于木霉繁殖的生态环境，是控制危害的根本措施。一旦发生木霉危害，立即通风降湿，以抑制木霉菌的扩展。处于发菌阶段的培养料感染霉菌后，可以采用注射药液的方法抑制木霉扩张，常用的药液有5%石碳酸溶液、2%甲醛溶液、50%多菌灵200倍液、ph值为10的石灰水等。往污染处撒生石灰，防治效果也较好。
    链孢霉 生长初期呈绒毛状，白色或灰色，生长后期呈粉红色或黄色。主要以分生孢子传播危害。在香菇发菌阶段温度控制在20℃以下，链孢霉生长缓慢，可以减少污染。同时，控制发菌场所的湿度，可以有效防止链孢霉发生。菌袋生产时发现有链孢霉污染，在分生孢子团上滴柴油，可以防止链孢霉扩散。菌袋发菌后期受害，不要轻易报废，可以将受害菌袋埋入深30-40厘米透气性差的土壤中，经10-20天缺氧处理后，可以有效减轻杂菌危害，仍可以出菇。药剂防治方法参照木霉。
    毛霉 又叫黑霉、长毛霉，菌丝初期呈白色，后期呈灰白色至黑色，在温度高、湿度大、通风不良的条件下发生率高。毛霉在香菇菌丝体培养期间侵染时，蔓延速度快，数日内便能布满基质。发生的主要原因是基质中使用了霉变的原料，接种环境含毛霉孢子多，在闷湿环境中进行菌丝培养等。防治方法同木霉。