食用菌病害分为病原病害和非病原病害两大类。菇类在生长、发育或运输、贮藏过程中，遭受到病原生物的侵害(称病原病害)或受到不良环境因素的直接影响，引起子实体外部形态或内部构造、生理机能发生异常的变化，严重的引起子实体或菌丝体死亡，降低菇类产品质下降(称非病原病害)。
    食用菌病害的防治必须贯彻“预防为主，药剂防治为辅”的综合防治的方针。选用抗病、虫品种、保持场地卫生，栽培技术(温、湿度适宜)得当，采用物理(高温、高压、紫外线灭菌)经学处理(各种杀菌剂和消毒剂的使用)。多种防治措施的协调运用，才能起到综合防治的效果。
    食用菌害虫有眼菌蚊、菇蝇、螨类，危害较重是眼菌蚊
    防治方法：主要从清洁、预防发生和出菇防治三方面入手。
    一、食用菌病害类型：
    分为病原病害和非病原病害两大类。
    菇类在生长、发育或运输、贮藏过程中，遭受到病原生物的侵害(称病原病害)或受到不良环境因素的直接影响，引起子实体外部形态或内部构造、生理机能发生异常的变化，严重的引起子实体或菌丝体死亡，降低菇类产品质下降(称非病原病害)。
    (一)病原病害：食用菌由于受到其他有害微生物寄生，而引起的病害，也叫侵染性病害，病原病害具有传染性，也就是说病害的发生是由少到多，由点到面，由轻发病到严重发病，具有明显扩张蔓延的特性，也叫做传染性病害，引起食用菌病害的生物称为病源物，病源物主要有真菌、放线菌、细菌、病毒。
    病原物侵入食用菌致病分三个时期：1、侵入期；2、潜育期；3、发病期，侵入期指病原物的分清入到建立寄生关系，侵入后，必须与食用菌建立寄生关系，才能进一步发展而引起发病。外界条件，寄生的状态和反应，病原物的多少和致病力的强弱的因素，都影响病原物侵入或寄生关系，潜伏期，病原物侵入和初步建立寄生关系到出现明显症状所需时间。发病期指症状出现后病害进一步发展时期。病害发展到一定时期，病原物可产生孩子(真菌病害)或其他繁殖体进一步地传播蔓延病害。
    (二)非病原物病害：由于不适宜的环境条件或不恰当的栽培措施引起，如培养料含水量过高或过低，PH的过低或过高，及空气相对温度高低，光线的强弱，二氧化碳浓度过浓，农药及生长调节物质不当等环境因素引起的，这类病不会污染的，如子实体畸形，菇体水渍斑，高漫浇蕾或死菇都属于这种类型。
    二、食用菌病害的防治原理：
    食用菌病害的防治必须贯彻“预防为主，药剂防治为辅”的综合防治的方针。选用抗病、虫品种、保持场地卫生，栽培技术(温、湿度适宜)得当，采用物理(高温、高压、紫外线灭菌)经学处理(各种杀菌剂和消毒剂的使用)。多种防治措施的协调运用，才能起到综合防治的效果。
    下面介绍影响食用菌生产危害严重的两种病原病害及防治。
    1、细菌性斑点：食用菌品种中金针菇、平菇、蘑菇等，都存在危害，对生产影响最大，子实体发病后，轻者斑点多，生长不好，质量下降，重者及整个子实体变黑腐烂，失去食用菌价值，严重影响鲜菇产量和质量。
    症状：病斑褐色，发生部位在菌盖和菌柄上，菌盖上的病斑圆形或椭圆形，也有不规则形，病斑外圈色深，也有不规则形，病斑外圈色深，呈深褐色，潮湿时，中央灰白色，有乳白的粘液，气燥干燥时，中央部分稍凹陷。菌柄上的病斑菱形，棱形和长椭圆，褐色有轮斑。条件适宜时，会迅速扩展，严重时，菌柄，盖变成黑褐色，最后腐烂。
    防治：包括物理防治和化学药剂防治两种。
    物理防治指选用抗病品种，加速品种更新，合理安排出菇时间。根据各种食用菌生长所需的温、湿度来合理安排栽培季节，尽量避开高温高湿的影响，如我县大规模生产主栽品种金针菇，一般都安排在10月份开始生产，11月5日左右开始开袋，立春前第一潮采收结束，主要是避开立春后高温影响，防治该病大面积发生，做好菇房通换气工作，把CO2浓度降低0.1%以下，做好出菇场地卫生消毒工作，场地用0.05-0.1%漂白粉喷雾1-2次，然后用高锰酸和甲醛(用量10毫升/米3，5克/高锰酸钾薰蒸)，防止昆虫带菌传播。
    化学防治：①发病初期用食用漂白粉兑水喷雾，稀泽浓度为0.2%，或用浓度为40-50ppm，土霉素喷雾，看发病程度，间隔3-5天重喷一次。②用1:500-1000倍黄斑消喷雾，间隔2-3天连喷2-3。
    2、基腐病：又称软腐病，金针菇品种危害较重。该病在子实体发育过程中，菌柄基部中间变黑褐包，逐渐向表皮扩展到整丛株，发展到黑色腐烂，子实体倒状，停止生长，轻者影响产量和质量，发病严重的绝收。
    病源：瓶梗青霉，属半知菌亚门丝孢纲，丛梗孢目，丛梗孢科，该病原如在马钤薯蔗糖培养基上，菌丝白色，粉状，培养基呈红褐色，菌落呈粉红色，孢子梗从气生菌丝上长出，呈对称分叉，分生孢子椭圆形，单细胞，无色
    发生：多发生于培养料含水过高，菇房湿房较大，喷雾水份不均匀造成积水，长时间覆盖薄膜，通风不良，有利该病发生。室外大棚栽培发病较重。
    防治：1、子实体生长阶段要控制适且的含水量，要经常清除菇体表面积水，保持菇房空气新鲜。2、发现病菇后应及时清除，然后喷施成65%漂白粉。又已发病菌袋，清除病株后，用1:500的25%多菌灵，成65%代森锌1:500-1000喷施。
    三、食用菌虫害及防治：
    危害食用菌害虫主要有菇蝇、螨类、眼菌蚊，危害较重的是眼菌蚊。所以下面侧重说一下眼菌蚊。
    眼菌蚊又称洒眼菌蚊，及小黑蚊子，白蛆，属双翅目，蚊类昆虫。
    形态识别：成虫、体小，长2-3毫米，褐色或灰褐色，有一对膜质前翅和一对特化为平衡的后翅，复眼发达，顶部尖，在头顶延伸并左右相接，形成眼桥，触角丝状，16节，雌虫腹未尖细，雄虫外生殖器呈一对铗状。卵圆形，白色透明至乳白色，单生或成堆生，产于低洼潮湿处。幼虫，细长6-7毫米，白色透明至乳白色头黑色，骨质化，咀嚼式器发达。蛹，黄褐色裸蛹。
    生物学特征：眼菌蚊生活史从卵→幼虫→蛹→成虫，成虫雌，雄交配，繁殖了第二代，该虫适宜生长温度为20℃，温度25℃-30℃，繁殖一代为17天左右，10℃以下活动能力下降，幼虫停食不活动。成虫活泼善飞，有趋光性。对蘑菇，平菇，金针菇有很强趋性，幼，成虫对食用菌危害归纳成四种类型：1、取食培养料，危害发菌；2、取食菌丝，切断幼菇与菌丝间的联系，幼菇枯萎死亡；3、取食子实体；4、在危害同时携带病菌孢子及螨类传播。
    主要从清洁、预防发生和出菇防治三方面入手。
   1、洁卫生是防止虫害的重要环节和根本措施，目的是消灭虫源，铲除虫害孳生地，彻底消除出菇场地垃圾，粪肥及上年废弃的培养料，尤其是虫菇，烂菇，菇根不要堆积在菇房内外任虫发生，要及时销毁或深埋。防止成虫羽化。
   2、预防杀虫：在生产前或菌袋开袋前，用50%敌敌畏董蒸，菇房或培养室，用量0.5毫升/米3，菇房四周用80%敌敌畏，1:800倍液喷施。做好菇房与外界的隔离，防止成虫进菇房。
    3、出菇期防治：出菇期防治要考虑药剂对菇体的影响，一般都采用25%菊乐酯2000倍液喷施，或利用眼菌蚊的趋光性，采用灯光透杀。