平菇病毒病为平菇重要病害，全国各地普遍发生，可造成明显减产。它是由病毒引起的一种病害，其病原物为球形病毒颗粒。平菇菌丝感染病毒后没有明显症状。因为病毒寄生在细胞内，只是菌丝生长速度有所变缓，菌落边缘往往不整齐；到了出菇期，感染病毒后，有的子实体菌柄肿胀呈近球形或烧瓶形，不会形成菌盖或只会出现很小的菌盖，或只在近球形的子实体顶面保留菌盖的痕迹，后期就会产生裂缝，露出白色菌肉；有的菌柄变扁或弯曲，表面凹凸不平或有瘤状突起，菌盖变小畸形，有深的缺刻和呈波浪型；有的菌盖及菌柄上出现明显的水渍状条纹或条斑。发病严重的子实体，不能形成担孢子。有的因发育受阻，菇型矮化，盖厚、柄短或盖小。
    防治方法：1.选育抗病、耐病的菌株，选育无病毒的菌种。2.严格把好母种关。凡生长异常，特别是菌丝不整齐的母种要剔除；原种、生长种在培养阶段要经常检查，凡菌丝有缺刻或花斑块的要坚决淘汰。3.菇棚、培养室、接种工具要用“菌室消毒王”、“金星消毒液”等药品进行严格消毒处理。4.对出菇中发现感染病毒病的平菇菌袋要挑出隔离并烧毁。生产结束后对患病的菇房进行严格的消毒，将菇床架拆开进行清洗，防止携带病毒粒子的孢子和菌丝潜伏在架缝中。5.当菌袋或子实体出现病毒病症状时，用“强力病毒清”600倍液喷洒，间隔4天左右喷洒一次，治愈率达94%。6.栽培结束后，对发生病毒病严重的床架和菇房应使用“菌室消毒王”进行严格的熏蒸消毒处理，以防染病的孢子和菌丝体长期潜伏。