1、草菇菇蕾枯萎
    ①菇蕾形成期温度控制在25—28℃，初秋温度骤降至20℃以下时，在棚上加盖草帘保温；②菌线生长阶段光线宜偏暗，防止强光刺激，过早形成菇蕾；堆草要紧实，以利菌丝紧密连接；③菌丝生长期用鱼藤精和敌敌畏喷洒在菇床的培养料四周，以毒杀马陆和潮虫等害虫；④菌种须年年分离或引敌种，适温保存；⑤定期在料块周围的畦上洒水或在畦沟内灌水，保持床上湿润，出菇期间空气相对湿度保持90—95%，严禁菌蕾初期床面用水；⑥菌丝长满培养料后，及时揭去覆盖在料面的薄膜，通风换气，但应避免当关风、干燥风直接吹入菇房，做到保温和通风相结合；⑦栽培前培养料应曝晒1—2天，配料时把PH调至8—9左右；⑧采菇时切莫硬拔，勿伤幼菇，采后清理菇床，挖掉菇头，摘去烂菇。
    2、草菇幼菇萎缩死亡
    ①这种情况无法补救，唯一可行的办法是购买适龄菌种，即菌龄在3天内的健状菌种；②控制好温度变化，幅度不宜过大，菇形成时绝不能往菇床上喷水；③料入床前应发酵、灭菌。若床已有螨类，未出菇时可喷0.1—0.2%的敌敌畏，并盖上薄膜。
    3、鬼伞等杂菌的防治
    ①选用新鲜、干净、无霉烂的培养料；②栽培前，培养料应在烈日下曝晒2—3天，播种前用1—2%石灰水浸泡；③配料时要控制料中氮元素的比例，麸皮或青糠的总用量不超过15%；④如果是室内栽培前要用新洁尔灭消毒，用甲醛熏蒸3天（甲醛用量每立方米用量40毫升，甲醛中需加入20克高锰酸钾）；⑤栽培料须先堆积发酵或用蒸气杀菌，使堆料温度达75℃，以7天可杀死杂菌；⑥培养料的含水量不能超过95%，播种后要覆膜，后开窗通风换气，以降低氨气含量；⑦提高PH，生长阶段PH以8.5为宜，子实体生长时PH不能低于7.5；⑧栽培前场地要严格冲洗、消毒，用PH9的石灰水清洗，用50%可湿性粉剂托布津1000倍液或25%可湿性粉剂多菌灵300—500倍液喷洒消毒；⑨改进接种方法，将四分之三菌种和栽料混匀铺平，再将余下的四分之一菌种覆盖在培养料表面，最后适当压紧，可控制鬼伞菌污染；⑩调节好温湿度；（11）如已生鬼伞菌料，一是立即用手拔掉，二是用50%石灰水进行局部消毒；（12）第一潮菇采收后，在料上喷3%石灰水调整PH，可防止鬼伞发生；（13）用5%的明矾水拌料或喷洒能有效地控制或减少鬼伞的发生。