病害：
　　胡桃肉状菌　又名假木耳，是鸡腿菇栽培中较易发生的一种病害。发病初期多在覆土的表层发生大小不等的类似于木耳形状的子实体，挖开发病部位培养料会散发出浓烈的漂白粉气味，培养料发黑。其防治方法为：严格挑选菌种。所覆的土必须是取自地表20cm以下的土层，并严格进行消毒。发病后用浓石灰水局部灌淋，并停止供水，待局部泥土发白后小心挖出，并将其运至较远的地方深埋。
　　白色石膏霉　白色石膏霉是由培养料偏酸而引发的一种病害，一般在下种10－15天内发生。该霉菌初期在覆盖表面形成大小不一的白斑块，老熟时斑块变为粉红公，并可见到黄色粉状孢子团，挖开培养基有浓重的恶臭味，大部分菌丝死亡、腐烂。其防治方法为：培养料发酵时添加5%石灰粉，调节其PH值为8.5。局部发病时可用500倍的多菌灵或5%石碳酸溶液喷洒。加强通风，降低畦面空气的湿度。
　　鬼伞类竞争性杂菌　鬼伞类杂菌的孢子一般是混在稻草等料中进入菇床的，5－10天床面便出现大量的鬼伞菌，与鸡腿菇争夺营养，其子实体腐解后流出墨汁的孢子液。其防治方法为：选用新鲜、干燥的稻草作为培养料，并进行二次发酵，以杀灭鬼伞孢子。发现鬼伞菌应及时摘除并深埋。
　　虫害
　　螨　螨的种类较多，主要为害菌丝和子实体，虫口密度大时菌丝无法形成子实体。螨来源于稻草、禽畜粪便等，喜欢在阴暗潮湿的环境中生活，繁殖极快。其防治方法为：栽培场地在使用前要认真清理杂物，并使用敌敌畏或2000倍液的卡死克。
　　菇蝇　菇蝇不但为害鸡腿菇子实体，而且还传播杂菌。被为害的培养料呈糠状，有恶臭味，并可看见小虫爬行。其防治方法为：用0.1%鱼藤精喷洒地面及四周。用1500倍液的除虫菊或3000倍液的2.5%氯氰菊酯喷杀。保持场地通风、清洁。
　　跳甲虫　该虫是由栽培环境过于潮湿、卫生条件差引起的，常群集在菌盖底部的菌膜及培养料中，被害子实体发红并流出粘液，失去了商品价值。防治方法：改善栽培场地的卫生条件，以免过于潮湿。用0.1%的鱼藤精或除虫菊喷杀。