食用菌在生长发育过程中会遭受各种病菌的侵袭，引起减产甚至绝产。据统计，在食用菌新产区，由于病菌的危害．可造成10％～18％的产量损失，而在一些老产区，则高达50％～5％．严重的甚至造成绝产。所以，如何防治食用菌的各种病害，是保证食用菌栽培高产稳产的一项很重要的技术。 
    一、消灭栽培场地的茵源。在栽培食用菌前，必须对栽培场地和周围环境进行彻底的灭菌消毒。在新产区，一般可用浓度为5％的石灰水和800倍的杀菌剂喷洒，也可用硫磺熏蒸。消毒时，尤其应注意墙角、棚边等死角。在老产区，由于多年生产，栽培场所内的病原菌较多，一定要彻底灭菌。若条件许可，可以更换栽培场所，以减少病原菌的数量。 
    二、减少原料中的杂菌。生产上，首先要选择新鲜、无霉变的各种栽培原料。其次，在用料时，要将各种栽培原料在阳光下暴晒2～3天。栽培平菇、鸡腿菇等食用菌时，可采用短期发酵法消灭原料中的杂菌。具体做法是，将栽培料预湿后充分拌匀，接着堆成堆。料堆高1米、底宽1．5米。待料温达到60℃时，保持10小时，然后进行翻堆。翻堆后，当温度再达到60℃时，保持10小时即可。 
    三、剔除污染的菌种。播种时，首先选择优良菌种。对优良菌种除要求高产、优质、抗逆性强外，还要纯度高、无病虫感染且菌龄适宜。其次，播种工具要清洁，脸盆、铲勺、手套、铁锨等都要用石灰水或杀菌剂清洗消毒。再次，在栽培袋制作过程中，要选用优质低压聚乙烯塑料筒。填料要严实，封口要严密，料筒排放应有少量间隔。 
    四、控制生态条件。在栽培管理过程中，通过控制病原菌的生存条件可有效地抑制病原菌的侵入、发生和蔓延。主要措施有：（1）控制栽培料中的酸碱度。一般情况下，食用菌比较喜欢偏碱性的栽培原料，而病原菌则喜欢生长在偏酸的环境中。所以，在配制栽培料时，可用石灰水将原料的酸碱度调整为偏碱性，以控制病菌的生长。（2）适当控制温度和湿度。在栽培管理过程中，可采取通风、控水、遮光等措施，创造一个有利于食用菌生长而不利于杂菌生长的环境条件，以达到控制病害污染的目的。（3）控制栽培原料的配方。每一种微生物的生长都需要原料有适当的碳、氮比，配制适合食用菌生长而不利于杂菌生长的原料配方，可有效减少杂菌污染。（4）随时清除食用菌残体。（5）在栽培料中添加杀菌剂。可在栽培料中加入0．1％的多菌灵或0．1％的甲基托布津等杀菌剂。（6）确定适宜的播种期。要根据当地的气候条件及食用菌的需温特性，选择适宜的播种期，避免高温或低温的影响而诱发某些病源菌的发生，或直接引起某些生理性病害的发生。 
    五、发现病害，及早处理。当菌种出现污染时，要立即清除销毁。当栽培料出现杂菌污染时，可挖除病区，喷施800倍的杀菌剂或用药物熏蒸等办法处理。对少量的污染，可在污染处用针筒注入75％的酒精或1％的福尔马林溶液，以抑制杂菌的蔓延。处理后，应立即在针孔处贴上胶布。如果发现菌筒污染严重，可将污染的菌筒集中高压灭菌2小时后取出埋掉。