草菇是目前普遍栽培的一个高温品种，也是在食用菌里规模栽培要求温度最高、生长周期最短的品种。但在生产中常出现菌丝萎缩现象，严重影响其产量和品质。可采取如下措施防治：
　　一、选用优质菌种 菌龄过长或过短、菌种退化、菌丝生活力弱、抗逆性差，或菌种长时间在温度过低、过高的环境中存放，都会出现播种后不萌发、菌种块菌丝萎缩的现象。因此，在生产中要选用适龄、优质菌种，并确保培养过程中温度不要过低。
　　二、控制好培养料温度 当气温较高、培养料偏厚、菇房保温性能较好时，播种后培养料内温度较长时间超过42℃，会导致菌丝萎缩、死亡或造成烧菌。当温度偏低或昼夜温差过大时，也会引起菌丝生长缓慢或萎缩。一般在菌丝生长期，料温不能长时间低于30℃；低于28℃虽然菌丝会生长，但产量不高，甚至不出菇。据此，在播种后要密切注意菇房内温度及料温。温度过高，要通风换气降温，也可空间喷雾、地下倒水；温度低时要及时保温和加温。
　　三、控制好培养料水分 栽培草菇因培养料偏干而引起菌丝生长不正常的情况较少，但含水量过高，超过75％，或薄膜覆盖过严，培养料不透气，加上菇房通风条件不好，菌丝会因缺氧等萎缩或自溶。因此，在处理培养料时应掌握宁干勿湿的原则，待喷“出菇水”时再适当增加水量。
　　四、调水要适当 调水时，水温过低、水流过猛、水量过大，菇蕾太小、通风不及时，都会引起菌丝萎缩或死亡。所以，在调水时水温必须在5℃以上；若料温偏低，水温最好在30℃以上。
　　五、预防杂菌和虫害 竞争性杂菌与草菇菌丝争夺营养。害虫，如线虫、螨、菇蝇幼虫蚕食菌丝，并引起杂菌、病毒感染，从而导致菌丝萎缩或死亡。为此，要切实搞好以下几项：二次发酵要彻底，要及时杀灭菇房内杂菌和虫害；应选用优良菌种，并保持菇房周围环境卫生。
　　六、谨防药害 播种后，如果使用药物不当、浓度过大、使用量过大等，或喷水容器装过农药未清洗干净，或在料中添加过量的尿素而产生重氨料等都会导致药害，造成菌丝萎缩或死亡。因此，在使用药物前，一定要对症下药，并仔细阅读使用说明。喷水的容器必须与喷农药的容器分开使用，以免引起中毒。