金针菇丛枝病是一种非传染性的生理病害。其症状为：当栽培菌袋或菌瓶由菌丝生长转到子实体形成阶段时，出现茹蕾丛生，只长菌柄不形成菌盖，菌柄伸长到一定长度时，顶端产生分枝，小分枝生长一定时间后又产生分枝，小分枝越长越细弱并下垂，形成一丛似披发状的菌丛，完全不像正常生长的子实体菌柄向上生长，顶端膨大后形成菌盖。
病原：由CO2浓度过高和湿度过大所引起。袋栽或瓶栽金针菇当菌丝生长到一定阶段转向子实体形成时，即原基出现后，应保持适当通风和给予一定的光线刺激，并降低菇房的温度，这时期如果在瓶、袋口内外的CO2气体浓度积累过高，氧气不足和缺乏弱光刺激，加上湿度过高，导致子实体畸形生长，只长菌柄不形成菌盖，并在顶端不断产生分枝。