①选用抗逆性强的菌株用于生产。135类（秋平5号、庆功1号）等长菌龄、短柄花菇品种，其菌丝生长温度为5℃～32℃，且不耐高温。当菌棒生长环境长时间超过32℃时，易造成菌丝“自溶”而死亡，使菌棒霉烂报废。故历年来用135、秋平5号、庆功1号等品种烂筒严重的农户可选择抗逆性相对较强的939、庆元9015、庆科20等品种用于生产。
    ②晚熟品种培养料中可减少麦麸、糖用量生产长菌龄的晚熟花菇品种（如L135），培养料配方可按每千袋料用木屑780kg、麦麸110kg～120kg、糖7kg～8kg、石膏10kg配制，减少麦麸、糖用量，提高培养料中碳氮比，在夏季高温期可提高菌棒抗霉、防虫的能力。
③按生产季节来制定接种法和接菌量。有部分农户在春节前即开始安排生产菌棒，以L135品种早期生产的（2月上中旬）为例，可采用二穴接种法减少接种量，延长菌棒菌丝营养生长期，这将有利菌棒越夏管理。后期生产的菌棒（5月初起）用常规三穴接种法，这样在梅雨季节高温来临时，菌棒菌丝生长正处旺盛期，从而增强抗逆能力。
    ④搞好环境清洁卫生，消灭虫源。由于食用菌生产品种的多样化，许多地区都是连年种菇的老菇区，每年有几千万袋废菌棒到处乱丢，且农村中畜、禽等污染源多，成了菇蚊、菇蝇、线虫频繁活动地点，虫口密度一年比一年高。要减少菌棒烂筒，须消除虫源，减少虫口密度，即搞好环境清洁卫生，消除废弃菌棒，关养畜禽并定时打扫畜禽舍，清理水沟，对多虫地域统一时间喷DDV、除虫菊脂等杀虫剂。
    ⑤菇房、培养室安装门、窗纱。双翅目的菇蚊、菇蝇等害虫不但可产蛆虫蛀食菌丝，还可携带各种霉菌孢子感染菌棒，造成烂棒。故此门窗、通风孔等处用60目的尼龙细纱网钉上，可防止菇蚊、菇蝇等成虫入室危害菌棒。
    ⑥铁钉刺孔改为用回形针刺孔放气法。菌棒发菌期，菇农习惯用6.7cm～10cm铁钉扎孔放气，孔径一般超过1mm，菇蚊成虫可自由出入放气孔产卵繁殖，一般3d～5d卵孵化成幼虫就会蛀食菌丝导致菌丝腐烂，菇木烂棒。故前期通气应改用回形针、大头针扎孔放气。用回形针扎孔，孔径较小，在实际操作中，掌握扎铁钉2倍～3倍的量，一样达到给菌棒放气的效果。
    ⑦阴雨天提倡不刺孔增氧。大多数菇农会利用阴雨天在培养室内对菌棒进行刺孔增氧，但阴雨天高温、高湿条件下，香菇菌丝体的呼吸及水份排放作用减弱，从而引起逆抗性降低，加之霉菌在阴雨天活动频繁，很容易造成烂筒等现象。菌棒的刺孔通气需在晴天、通风、干燥情况下进行较好。
    ⑧刺孔1周内，综合防治害虫。菌棒刺孔通气1周内，孔口菌丝尚未愈合，散发的香味能引诱菇蚊、菇蝇等害虫云集产卵，故这段时间需综合防治害虫。刺孔前必须对培养室进行一次全面杀虫灭菌工作，刺孔后再次消毒灭虫。刺孔的菌棒周围可点蚊香熏杀成虫或挂DDV棉球，以驱避菇蚊、菇蝇，诱杀成虫。菇蚊、菇蝇等成虫有趋光性，可设置黑光灯或日光灯，在灯周围挂上粘虫纸或灯下设置DDV溶液药盒，让成虫触药中毒。
    ⑨堆垛越夏应改为单层摆放越夏。菌棒井字形堆垛越夏，其中两段的接触面因互相挤压菌棒容易变形，高温期也容易烧菌而烂棒，提倡4月～5月菇棚清理消毒后，菌棒即移入菇棚，上培养架单层摆放越夏。
    ⑩及时处理黄水和烂棒的菌棒。菌棒局部出现菌水，开刀破口要用纱布或毛巾及时吸干排除，若黄水不多，可直接刺孔排出，但需注意不能刺破菌皮，以免黄水流入洞内，造成烂棒。另有轻度烂棒的菌棒应及时拣出，视受害情况及程度分别处理。若仅表皮病虫害侵染变黑，可先剪开塑料袋，受害部位用清水洗净后用饱和盐水涂擦。饱和盐水有高渗透性，可杀死大部虫卵和杂菌。若腐烂已侵入至菌棒内，应将受害部位挖除，再用田泥、木屑、石灰、食盐配成的药膏（1∶1∶1∶1比例加水拌水糊状）涂上，放置通风、干燥处。