草菇生产中整个过程都处于高温高湿环境中,虫害及杂菌都较多。杂菌主要是鬼伞菌、木霉、青霉等。发生鬼伞的主要原因是原料含氮量偏高,pH值偏低,发酵和消毒不彻底等。木霉、青霉主要是由于发酵不充分，菇房内温度偏低等原因引起。防治方法：选择新鲜无霉变原料，添加辅料时含氮量高的原料比例不要超过5%，含水量控制在70%左右，pH值不能小于7，消毒要彻底。 
    草菇的主要虫害有菇螨、线虫、菇蝇等。这些害虫均会吞吃菌丝体，使菇枯萎死亡。防止害虫的侵害首先要注意菇房及周围的环境卫生。发现菇螨时，可用杀螨酵500—1000倍溶液喷雾，喷雾前停止喷水。线虫的防治,一要严格控制培养料的含水量在70%左右,另外加温消毒时，最好在铺床后6小时-12小时进行，可大大减少线虫的为害。
    防止菇蝇方法有：培养料堆制发酵时要用薄膜盖严；播种时防止菇蝇进入菇房，播完种后盖上薄膜再喷些敌敌畏。此外，还要特别防止老鼠的为害，老鼠会将培养料爬乱，损伤菌丝，严重影响产量。