杏鲍菇在菌袋制作和栽培管理过程中，常常会受到杂菌的污染和病虫的侵入。常见的病害主要有绿霉、红色链孢霉、根霉等，其防治措施主要是注意加强通风，避免湿度过大，若发现病菇要及时清除。常见的虫害主要有菇蚊、菇蝇等。受害的栽培料变为深褐色，菇蕾无法形成，已形成的菇蕾、幼蕾也会萎缩、腐烂。应采取预防为主、综合防治措施，其方法：一是隔离防护，在冷房的门、窗上安装60— 80目窗纱，预防成虫飞入，产卵繁殖；二是灯光诱杀。成虫有趋光性，可用黑光灯诱杀；三是药剂防治。菌袋开口后以及采菇后可用5%锐劲特乳油1 500倍液或25%阿克泰3000 —4000倍液喷洒料面进行防治。