一、病害。对天麻产量影响较大的病害主要有两类：一类是由于受到有害微生物侵染而引起的病害称为病原性病害；另一类是生理性的块茎腐烂病。
    1、块茎软腐烂病
    ⑴病状：发生软腐烂病的块茎，皮部萎黄、中心组织腐烂，掰开茎，内部变成异臭稀浆状，有的组织内部充满黄白色或棕红色的蜜环菌菌丝，严重时整窖腐烂。⑵发生原因：栽培场地选择不当，采用碱性土壤栽培导致失败。长期处于高温环境，种麻在贮运过程中受阳光直射，或在27℃以上的环境下时间过长，或受浸泡等；栽培穴受27℃以上高温或70%以上高湿的影响。⑶防治方法：严格选择菌材和菌床，栽培场地要选择偏酸的沙质土地；严格挑选种麻，选择无病虫危害、健壮，没有受高温高湿危害的箭麻做种；严格田间管理，控制适宜的温度和湿度，避免穴内长期积水或干旱。
    2、杂菌
    危害天麻及菌材最严重的是和蜜环菌同类的其它担子菌，菌丝及菌索类似蜜环菌，但菌索扁圆，没有发光特性，腐生于菌材上，与蜜环菌争夺营养，抑制蜜环菌的生长。防治方法：选择培养场地时，一定要选择环境中杂菌较少，不带菌或带菌少的生荒地；选择优良的蜜环菌菌种，加大菌种用量，造成蜜环菌的生长优势，以抑制杂菌的生长繁殖；培菌和栽培场地要挖好排水沟；及时灭菌。如在培养过程中发现有杂菌，要及时采取防治措施。
    二、虫害。天麻的虫害有蛴螬、跳虫、蝼蛄、介壳虫、白蚁等。防治方法：
    ⑴蛴螬动和蝼蛄：100平方米内用90%敌百虫或50%的辛硫磷0.15公斤加少量水稀释，拌细土10-15公斤制成毒土撒施。
    ⑵跳虫：跳虫体形小，色白，一般以较高的湿度为生存条件，20-25℃最活跃，一年可繁殖6-7代。主要咬食菌棒皮层内的菌膜，也吃食天麻块茎，使天麻块茎出现坏洞。在发生盛期可用1:800-1000倍的敌敌畏或0.1%鱼藤精喷施或浇灌，或用4片/平方米磷化铝熏杀。
    ⑶白蚁：白蚁除危害菌材外，还蛀食天麻原球茎及块茎，在危害盛期可用灭蚁粉毒杀。
    ⑷介壳虫：主要是粉蚧危害天麻块茎。一般由菌材、新材等树木带入窖内。危害后天麻长势减弱，品质降低。如发生危害，应将此穴天麻及时翻挖，全部加工成商品麻出售，严禁留种，并将此穴菌材焚烧，以防蔓延。