1、菌丝徒长。常在覆土后，发生绒毛菌丝持续不断在土表生长而不形成菇蕾，严重时菌丝浓密成团，结成菌块，推迟出菇，降低产量，这在平菇和香菇中常见。
    致病原因主要是管理不当，菇房通风透气不良，栽培料面和覆土湿度大，适于菌丝生长而不利于子实体形成，有时与菌种本身有关。
    防治措施：在覆土调水后或香菇菌丝愈合期，要加强菇房通风，增加透气性，以降低二氧化碳浓度和空气湿度，同时降低菇房温度，抑制菌丝生长，促进子实体形成。如表面已形成菌块，可用刀划破菌块，喷水通风，仍能形成子实体。
    2、子实体畸形。主要发生在平菇、香菇、灵芝等，发生时子实体形状不规则，盖小柄大，歪斜等，子实体不分化，菌盖形不成，严重时只形成一个不分化的组织块。
    病因主要来自机械性损伤和覆土粗糙、出菇部位过低，压挤、碰损等，及菇房光线不足或二氧化碳浓度过高，都可能造成菌盖小，不开片、柄细长等畸形菇，另外像病毒危害、药害及物理化学诱变剂作用，也可形成畸形菇。
    防治措施：减少机械创伤，加强通风透光，防止病毒感染，正确使用有关药剂，避免药害影响，恰当选用诱变剂，筛选遗传性状优良的突变体。
    3、死菇现象。在出茹期间并无病虫危害，而从幼小的菌蕾到大小不等的子实体发生变黄、萎缩、停止生长而死亡。
    病因：出菇过密，营养供应不足，小菇死亡；高温、高湿、喷水重、通风不良，氧气不足，小菇闷死，或喷药次数多引起药害及采菇不慎碰伤小菇  等原因。预防时要针对以上原因，及早采取相应的措施加以避免。
    4、水锈斑。子实体在菇房通风差，湿度大(＞95%)时，菌盖表面常有积水的情况下或覆土中带有铁锈，都会使菌盖表面产生锈斑，形似细菌斑点病，影响食用菌质量和产量。但水锈斑只限于菌盖表皮，不深入肉内，如加强通风，及时蒸发掉菇体表面的水滴，不用带铁锈的覆土，即可防止其发生。
    5、薄皮早开伞。在平菇旺产期，由于出菇过密，温度偏高(18℃以上)，菇房内二氧化碳过高，很容易出现柄细长、盖瘦薄、早开伞的子实体，严重影响产量和质量，应及早预防。菌丝不要吊得太高，出菇部位掌握好，防止出菇过密，不喷潮头水，不出潮头菇。适当降低菇房温度，可减少薄皮早开伞的发生。另外，还有硬开伞只在秋季低温突临时易发生。
    因此，在食用菌栽培中，要协调好温、湿、气等因素，给食用菌生长创造良好的生活条件，使其健壮生长，就能避免上述生理性病害的发生。