食用菌的独特生产方式和不同于高等植物的子实体组织结构，要求生产者不能在子实体生长阶段喷洒化学药剂，必须把“防”放在第一位。采取“预防为主、综合防治”的方针，减少化学农药的使用，提高产品质量安全水平，采取综合防治措施控制病虫危害。针对食用菌的栽培特点，其病虫害综合防治措施主要有：
    切断病虫害传播途径。食用菌栽培中病虫害的来源途径有三条：一是菌种带虫，带病源；二是培养料和覆土带虫、带病源；三是菇房（棚）内外自然传播。切断这三条传播渠道是病虫害综合防治的重中之重。
    环境控制，减少病虫害发生。1.降低料温：如双孢菇发菌料温控制在21℃以下，可有效防治胡桃肉状菌；金针菇发菌温度控制在20℃以下；平菇菌袋在20℃以下可以防止菌袋污染。2.加强通风换气。通风换气是最好的空气消毒方式，切勿造成闷湿的出菇环境，不通风有百害而无一利。3.光线调节。不同品种有不同的光照度要求。如双孢菇应偏暗一些，而白灵菇则需要强一些。
    农艺防治措施。不同的土壤有不同的微生物区系，不同的生态环境有不同的生物群落。实践表明，土棚栽培一般头年好，二年差，原因就是土棚的生态环境越来越差，也就是说病菌多了、虫害多了、空气质量也不好了。为此，必须改善生态条件，优化出菇环境，减少和降低病虫害的发生。
    化学防治。化学防治一般用于预防措施，在出菇期间禁止使用药剂防治，因为子实体的组织结构容易产生残毒，影响食用和出口。因此，在出菇期间禁止使用药剂防治，即使万不得已使用，只能在出菇前喷施，而且最好使用植物制剂、苦碱素等。