首先在病虫害方面：原有的病虫害未完全控制，新的病虫害又不断发生。如食用菌线虫病、鸡腿菇鸡爪病、食用菌褐腐病等等时有发生，而胡桃肉状菌、镰孢霉萎缩病、蛛网丝枝霉病等新的食用菌病害发生给食用菌带来的损失更大。某些病原发生变异，毒力返强，病害控制困难。其次，在种植管理方面缺乏技术，很多食用菌产区缺乏有丰富经验的食用菌病虫害防控技术人员，因此对食用菌病虫害的防控缺乏有关的措施，当发生病虫害又不懂得及时采取紧急而有效的措施来制止。此外，在病虫害预防方面不到位，防治程序不合理，消毒措施不力，生产场地卫生条件差，不合理的灭菌方式、不合理的原料处理等，导致一些食用菌的病虫害在产区时有发生。