褐斑病又名干泡病，黑斑病等，早期发病时，可使蘑菇原基不规则发生，畸形发展浸染幼菇时，可使菌柄或基部出现褐色条纹，菌盖上布满褐色斑点，病菇向一侧生长，呈畸形生长态势。切开病菇观察，其组织内部呈黄褐色、干燥、松散状、但病菇不腐烂、无臭味。
    褐斑病的病原菌是轮枝菌，该病菌主要存活于土壤及空气中，其最适生长温度为22℃左右，低于12℃时生活能力很差，基本不表现危害症状，但其分生孢子可粘附于土壤、工具、人体、虫类等任何可以寄附之处，所以菇棚该病的发生，初发时可能由于土壤中残存的病原孢子和空气中漂浮而来的病原孢子萌发所致，而发病后的迅速蔓延则是通过人体、工具、虫类甚至喷水时溅水所传播。
    双孢菇生产提倡二次发酵技术；对覆土材料应进行常规杀菌闷堆处理；危害比较严重时清理所用病菇，停止用水，通风干燥，将病菇于炕内焚烧；同时对害虫进行一次彻底灭杀处理，以防虫体带菌进棚。