常见的畸形菇有：菌盖紧抱不展“拳头状”，柄长肥粗盖小“花瓶状”，盖凹陷边裂外卷“破碗状”，盖窄长“牛舌状”，盖面斑点“麻脸状”，盖中瘤肿突起“胀腹状”，两盖并展柄紧连“蝴蝶状”，盖弯曲不平“波边状”，盖圆包裹菌褶收缩“光头状”，盖面纵裂沟缝“花菇状”，数菇并生“莲花状”。此外还有菇体萎缩形，菇体偏黄变色形等。
    房棚结构不合理会导致白灵菇畸形。
    现有白灵菇栽培场所，有室内菇房和野外菇棚。常因建造简陋，结构不合理。有的菇房门窗单向，有的通风口开在墙体上半部，致使室内空气不流通；有的塑料大棚两旁虽设有通风口，但通风口都是朝着菌墙两端；也有的虽然开有通风口，但只是为了保温，始终没打开。由于棚内空气不流通，造成严重缺氧，致使好气性的白灵菇畸形。