1.空心菇。主要是由于出菇期间水分管理不当造成的。在出菇期间，菇房温度高，湿度过低，菇体水分蒸发快，迅速生长的子实体得不到水分补充，就会在菇柄产生白色疏松的髓部，甚至在菌柄中产生空心；有时也会因气温低，子实体生长缓慢，在床面因停留时间过长而形成空心菇。为防止出现空心菇，应在双孢菇盛产期间，加强水分管理，及时喷水，并适当进行间歇喷重水，同时也要注意温度的调控。
    2．硬开伞。当气温变化幅度大，昼夜温差达10℃以上，加之菇房内空气温度低和通风过多时，易使正在生长未成熟的子实体开伞或出现龟裂。为防止幼菇提早裂开，当外界气温下降时，要保持菇房温湿度稳定，并撬松土层，断裂土层老菌丝，促使萌发新菌丝，保持床面适当含水量。
    3．锈斑菇。子实体出土后，菌盖表面产生褐色铁锈斑，虽未长入菌内，但降低了双孢菇的品质。原因是喷水后未及时通风。由于空气湿度过大，菇表面水分蒸发慢，上面出现小水滴，时间一长，形成褐色铁锈斑点。应保持菇房空气清新，喷水后及时通风散湿。