1．螨：又叫菌虱，种类很多，常见的有蒲螨和粉螨两种。蒲螨体积很小，肉眼不易看清，多群集成团，呈现咖啡色；而粉螨体积稍大，白色发亮不成团，数量多，成粉状。这些螨类主要由棉籽壳、麦皮、菌种和苍蝇等带进菇房，或由旧菇房残留下来。螨类以吃银耳菌丝为生，被害的菌丝不能萌发。如果出耳阶段发生螨类，就会造成烂耳或耳片畸形。
    螨类防治办法：①菇房要远离料房，四周环境要清扫干净。②菌袋进房前，对空房彻底消毒，可用气雾消毒盒，加清水拌成消毒液，喷洒四周。③发生螨虫时，可用灭扫利等广谱低毒农药，按规定用量喷洒受害处。但应注意：在子实体生长阶段，禁止使用农药。
    2．菇蚊：又叫眼菌蚊，幼虫白色，近透明，体型小如头发丝，色白，发亮，3～5天就变成黑褐色有翅膀的菇蚊。常发生在银耳扩穴后的出耳阶段，潜入较湿部分，危害菌丝，受害后发生烂耳。
    防治的办法：①保持好环境卫生，菇房门窗及通气口装配纱窗。②用黑光灯诱杀或在菇房灯光下放半脸盆0．1％的敌敌畏杀虫剂。③用蚊香或卫生丸粉熏烟。
    3．线虫：呈粉红色，是一种线状的蠕虫，体型极小，体长仅有1mm左右。在菇房内繁殖很快，幼虫2～3天就发育成熟，并再生幼虫。线虫主要由培养料和水源带进菇房。在闷湿、不通风情况下大量发生，银耳受线虫危害后耳片边缘腐烂，造成烂耳。
    防治办法：培养料灭菌要彻底，水源应检测，菇房事先严格消毒。喷水不宜过湿，并注意通风。若在耳芽出现时发生线虫，可用0．5％石灰水或1％食盐水，在阴凉天喷几次，并在菇房地面撒石灰粉消毒。