大床栽培平菇导致的污染有多种原因，首先应针对不同情况找到污染的原因（如突遇高温、料内进水、周边环境不净、虫害等）区别对待，根除污染源，而后对受污染的平菇进行如下处理：
    若是料面零星发生杂菌，可用浓石灰浆涂抹或覆盖患处即可控制。若是大量产生杂菌时，可挖取地表30厘米以下的河泥沙或黄泥沙（地下深层泥沙土无虫害和病害），然后打碎，加入2％的石灰粉并拌和均匀，揭去薄膜，在料面污染部位覆盖2～3厘米厚的泥沙，覆盖面积要略大于污染面积，并将泥沙稍拍紧。如料面严重污染时，应将整床料面覆盖，并用消毒液洗净薄膜后再覆膜，恢复常规管理。几天后菌丝恢复生长，泥沙中会很快布满菌丝，不仅对平菇产量无任何影响，而且有一定的增产效果。