1．病害：①胡桃肉状菌：又名假“木耳”，是鸡腿菇栽培中易发生的一种恶性传染病。发病初期多在覆土层内产生浓密白色棉絮状菌丝，继而在土表层发生大小不等类似木耳形状的子实体，挖开发病部位培养料会发出浓烈的漂白粉味，鸡腿菇菌丝自溶，培养料发黑。防治方法：严格挑选菌种，凡发现不良的菌种坚决不用；覆土必须取表土20厘米以下的土，并严格消毒；用浓石灰水在局部灌淋，并停止供水，待局部泥土发白后，小心搬出，远离深埋。
    ②白色石膏霉：该病是由培养料偏酸而引发的一种病害。一般在下种10～15天内发生，初期在覆盖表面形成大小不一的白斑块，状如石灰粉。老熟时斑块变粉红色，并可见到黄色粉状孢子团。挖开培养料有浓重的恶臭味，鸡腿菇菌丝死亡、腐烂。防治万法：培养料发酵时添加5％的石灰粉，调节pH值为8．5；局部用500倍多菌灵或5％的石碳酸喷洒；加强通风，降低畦面的空气湿度；
    ③鬼伞类竞争性杂菌：该杂菌孢子是混在原料中进入菇床，5～10天床面便出现大量的鬼伞菌与鸡腿菇争夺营养。其子实体腐解后流出墨汁样孢子液，继代极快。防治方法：选用新鲜干燥的稻草作培养料，并采取二次发酵，以杀灭鬼伞孢子；发现鬼伞应及时在未开伞前摘除，并深埋。
    2．虫害：①螨类：螨的种类较多，主要危害菌丝和子实体，虫口密度大时，鸡腿菇无法形成子实体。螨类来源于稻草、禽畜粪便，喜生活在阴暗潮湿的环境，繁殖极快。防治方法：栽培场地在使用前要认真清理杂物，并使用敌敌畏喷杀一遍；培养发酵温度达到55℃时，料堆表面用2000倍克螨特喷杀；菇场定期喷洒1000倍敌敌畏或2000倍卡死特。
    ②菇蝇：菇蝇不但危害鸡腿菇子实体，而且是传播杂菌的祸首。被危害的培养料呈糠状。有恶臭味，并见蛆虫爬动，菌丝被吃掉。防治方法：用0．1％的鱼藤精喷洒地面及四周；用1500倍除虫菊酯或3000倍2．5％氯氰菊酯喷杀；保持场地通风、清洁。
    ③跳甲虫：该虫是栽培环境过于潮湿，卫生条件差的指标害虫。常群集在菌盖底部的菌膜及料中，被害子实体发红并流出粘液，失去商品价值。防治方法：改善栽培场地的卫生条件，防止过于潮湿；用0．1％的鱼藤精或除虫菊酯喷杀。