白灵菇病虫害防治要贯彻“预防为主，综合防治”的植保方针。具体应把好菌种质量关，选用高抗、多抗的品种；搞好菇场环境卫生，使用前消毒灭菌，工具及时洗净消毒，废弃料应运至远离菇房的地方，培养料要求新鲜、无霉变并进行彻底灭菌，创造适宜的生育环境条件；菇房放风口用防虫网封闭；对蕈蚊类虫害，利用电光灯、粘虫板进行诱杀。
    菌丝培养阶段 
    菌丝培养初期培养料发生杂菌感染，应拣出打碎，拌入新料，重新灭菌、接种：中期培养料发生严重杂菌感染，要拿到远处烧毁；后期培养料底部发生局部杂菌感染，可继续留用出菇；栽培袋棉塞发生红色链孢霉感染，应及时用湿毛巾覆盖后移出培养室，并进行烧毁处理；清除感病菌．床或菌块，带到室外深埋，并在感病区域及其周围喷洒50％多菌灵可湿性粉剂600倍液。  
    出菇阶段 
    出菇阶段栽培袋出现局部杂菌感染。可用石灰抹涂感染部位，使之继续出菇；栽培袋杂菌感染较严重者，应取出烧毁，以免影响其它栽培袋；发现菇蝇时应加强菇房通风，降低菇房与培养料湿度，有条件的门窗应加装防虫网，菇房内使用黑光灯诱杀。在栽培期间，不得向菇体喷洒任何化学药剂。