生长于菇体上的杂菌
    ①青霉：侵入金针菇的青霉，是搔菌后侵入的。如发生青霉应立即挖出并烧掉。进行室内消毒。消毒液是2%的硫酸铜液，或稀释500倍的升汞液。
    ②根腐病：温度高时易发生。繁殖之初在培养料表面渗出白色混浊水滴，有时会积满瓶口。主要原因是培养料水分过多。发生根腐病后，应立刻挖出烧掉。手接触根腐病菌时，必须消毒。
    ③黑斑病：在菇盖上产生黑褐色斑点。多数不影响产量，但因菌盖变黑而使价格下降。用冷水直接喷在菌盖上易生这种病。
    防治措施：
    培养料中加入石灰，不仅可防止杂菌发生，也可促进菇的发育。石灰以消石灰为好，加入量为培养料量的2%。加入方法，可先和米糠混合，或加至水中后混合。