危害干菇的杂菌很多，主要有以下几种：
 （1）青霉和木霉：青霉初期为白色，以后变成浅绿色。木霉一开始即为绿色，以后绿色逐渐加深。湿度高，通风不良，酸性环境易发生。
    防治：可挖掉污染部位，然后洒上多菌灵原粉或生石灰。料内污染，应全部烧掉或深埋。
 （2）链孢霉：发生的条件在25℃～30℃温度下，孢子6小时萌发，形成大量棉絮状菌丝，48小时后产生大量粉红色的分生孢子。
    在培制培养料时用1：500倍多菌灵或霉锈净拌料，可避免发生，如果发生，及早销毁或深埋。
 （3）石膏状霉菌：常发生在培养料表面，产生粉状浓密的白色菌丝。
    防治方法：增加料的磷肥含量，喷洒1：7的乙酸溶液。
 （4）黄曲霉：菌丝开始为白色，以后大量产生黄色孢子。高温（27℃以上），培养料水分偏干的情况下，发生严重。
    防治方法，降低温度，控制在25℃以下，配制培养料时，水分适宜。