生理性病害是由于出菇期间温度、湿度、通风等管理不善而引起的生长发育不良，当环境适合时鸡腿菇又能正常生长。这类病害虽然不具有传染性，但发生也十分普遍，对鸡腿菇生产具有一定的危害性，所以生产上应当切实加以防范。现将鸡腿菇生理性病害的原因及防治措施简要介绍如下：
    一、死菇蕾
    1、症状及病因
    鸡腿菇子实体大量形成后，不再继续生长发育，而逐渐变黄萎缩死亡。该病病因有多种：
    ①出菇棚内相对湿度及覆土含水量过低或通风量过大，风直接吹到菇蕾上使其失水；
    ②覆土出菇时铺料太厚或摆袋过密，覆土后随着菌丝生长和菇蕾形成，畦床内料温逐渐上升至25℃以上；
    ③覆土偏薄，出菇太密，菇蕾形成不同步，使营养供应不均衡；
    ④菇棚内温度偏高或偏低（高于25℃或低于10℃）；
    ⑤湿度过大、通风不良、CO2浓度过高；
    ⑥采菇不慎或防虫用药不当均易造成该病发生。
    2、防治方法：
    ①认真调节覆土含水量。在子实体形成发育期间空气相对湿度保持在80％－90％之间，并缓慢通风，以免吹干菇体；
    ②脱袋覆土出菇一般料后在15cm左右袋行间距应在3－5cm之间，以免料温升高；
    ③覆土厚薄要均匀，一般控制在3－5cm；
    ④合理安排生产季节，严格控制出菇棚内温度于12－20℃，湿度85％－90％，并定时通风换气；
    ⑤谨慎操作，合理用药。
    二、早开伞病
    1、症状及病因
    菇蕾形成后不能进一步发育成菌柄粗壮、菌盖紧密的商品菇，而是形成菌盖薄小且松动开伞的次品菇，严重影响鸡腿菇的产量和品质。造成这一病害的原因有：培养料营养过于贫乏或铺料太薄；出菇过密加上温度偏高：菇棚内相对湿度偏低或覆土层偏干等均易出现早开伞。
    2、防治方法：
    ①培养料要营养丰富，配比合理，铺料厚度不能低于10cm；
    ②通过摆放菌袋的疏密来控制出菇密度；遇自然温度偏高时，可采取加厚草帘等覆盖物，夜晚通风，向人行道浇水等措施来降低温度；
    ③畦床铺料覆土后，可覆盖薄膜保湿或向覆土适当喷水保湿。