进入秋季，食用菌生产中的虫害仍是一大威胁，甚至较夏季有过之而无不及，尤其进入深秋季节，温差的拉大，使得原在菇棚外的害虫纷纷进棚为害，更加剧了防治的难度。诸如菇蚊、菇蝇、跳虫等，看似很微不足道的害虫，却能在很短的时间内给生产造成难以挽回的损失。尤其是蝼蛄、蠼螋、马陆、蜗牛等害虫，体型较大，危害性更大。实际生产中，不少菇农不注意预防害虫，而一旦发生虫害后，使用大量化学药物以求快速杀灭，结果往往难尽如人意。要对虫害进行有效防治，必须坚持“防则下工夫，杀则需彻底”的防、治结合的原则。具体方法归结起来主要有三点：
一、物理预防
1.修建菇棚应离开村庄、厩厕、垃圾场、粪堆等地，使出菇环境远离虫源。
2.原辅材料经强日光暴晒，避免携带虫卵或活虫。
3.原料中有活虫或虫卵，不要直接进行生料播种，起码要发酵处理后再用，最好采取熟料栽培或用于制种。
4.严格检查菌种是否带虫，对购进的菌种在转接前应仔细检查，防止出现带虫接种现象。
5.菇棚通风口及进出口等封装防虫网，防治成虫飞入。
6.在通风口及进出口撒布石灰隔离带，以防爬虫类害虫进入。
二、药物预防
1.拌料时加入辛硫磷或毒辛等药物，用量一般为每1000公斤干料用药100毫升左右，生料栽培时随拌料加入即可，发酵料栽培的最佳用药时机为最后一次翻堆前加入，经高温和闷堆，杀虫效果很理想。
2.棚外一定距离内，在清理废料后，可使用高效杀虫药物如敌百虫等药物予以杀虫，切断害虫来路。
3.棚外及棚室通风口、进出口，使用氯氰菊酯类高效低残留药物予以喷洒，以防爬虫类进棚。
4.菇棚内一般可喷洒氯氰菊酯等药物杀虫，使用阿维菌素杀灭螨虫，对菇蚊、菇蝇类害虫，有条件的可使用高效驱虫灵进行驱避，该药物的作用机理是：利用菇蚊、菇蝇类成虫不喜欢的药物气味对其进行驱避，成虫不敢入棚，更无法进料产卵，成虫被驱避后，形成危害的幼虫便无机可乘。该气味可使菇蚊、菇蝇躲之犹恐不及，即使偶有进棚虫，也会因气味难闻而快速逃离，无法形成危害。使用方法：一般在秋季，2天喷洒1次，以200倍液浓度为宜，对环境较差、虫口密度大的地区，可提高浓度至100倍液左右，或缩小用药间隔时间至1天。该药属生物制剂，无毒、无残留。
三、药物杀虫
菌种中有活虫或虫卵时，可将菌种装入大塑料袋(宽幅双层棚膜，一头扎口即成)中，按照每立方米空间4片的用量投入磷化铝，6小时左右即可解袋使用。
发菌期间，不慎发生虫害，可将地面洒水，菌袋集中(注意温度，以防烧菌)排放后上覆塑料膜，膜下投放磷化铝药物，用量同上，但要注意投放均匀、密闭塑料膜，6小时左右去除膜后，即可正常管理。
出菇期间发现害虫，如果是预防不严进入的“漏网之虫”，对成虫可适量喷洒菊酯类药物，菇蚊类成虫极不耐药，按蔬菜用量的最低浓度即可；如已发现幼虫，则可根据上述使用磷化铝进行杀灭，但应将子实体采掉，对于幼蕾，可带蕾用药，一般初发虫害，4～6小时即可全部杀灭。