草菇的主要虫害有菇螨、线虫、菇蝇等。这些害虫均会吞吃菌丝体，使菇枯萎死亡。防止害虫的侵害首先要注意菇房及周围的环境卫生。
    发现菇螨时，可用杀螨酵 500—1000倍溶液喷雾，喷雾前停止喷水。线虫的防治,一要严格控制培养料的含水量在70%左右,另外加温消毒时，最好在铺床后6小时-12小时进 行，可大大减少线虫的为害。
    防止菇蝇方法有：培养料堆制发酵时要用薄膜盖严，播种时尽量防止菇蝇进入菇房，播完种后盖上薄膜再喷些敌敌畏。此外，还要特别 防止老鼠的为害，老鼠会将培养料爬乱，损伤菌丝，严重影响产量。