针对金针菇菌棒接种后污染率特别高的现象，污染的原因：1.培养料原料不新鲜。2.培养料灭菌不彻底。3.接种操作不规范，被霉菌感染。4.菌种带有杂菌。5.培养菌丝阶段不通风，温度过高。
    防治措施：1.培养料原料要新鲜、无霉变。2.培养料灭菌要彻底。常温灭菌要在水开后继续保持水沸腾10～12小时。3.接种时要严格无菌操作规程。4.当打开原种或栽培种时，发现颜色或其他异常情况，都要严格挑选和淘汰。同时，要适当加大接种量。5.进行发菌室消毒，保证环境的清洁。6.发菌室温度控制在20～24度之间，不能太高或太低。要注意在不影响室温的前提下进行通风，每天通风1～2次，每次10～20分钟。