防治方法：严格控制污染源。原材料要选择新鲜的木屑、麦麸等；塑料袋要挑除微孔袋；清除四周垃圾；配料时加入50%多菌灵，按0.1—0.2%掺入拌匀；培养基灭菌要彻底，接种用酒精拌多菌灵擦袋消毒；发菌场所要干燥清洁；脱袋出菇期防止喷水过量，注意通风。
　　 一旦发现如是菌种污染，立即淘汰；如是菌棒发生时疏袋散热撒石灰粉；同时用柴油涂抹患处，切忌乱扔乱放污染空间。
　　 二、常见虫害防治
　　 1.跳虫： 进入五月高温高湿季节后，出菇最大的害虫是跳虫直接影响出口。跳虫黑灰色，发生于25℃以上高温和85%以上湿度环境下，不易清除，防治措施是：降低棚温，减少湿度（菌棒筒内含水量40%左右为宜）；地面放80%敌敌畏1000倍液掺入数滴蜂蜜诱杀；50%辛硫磷稀释成500倍液喷雾毒杀；0.1%鱼藤精或200倍液除虫菊脂溶液喷杀（敌杀死也可）；地面墙面撒石灰粉；棚内杂草枝条部分喷药除杀。
　　 2.线虫：危害香菇的线虫主要是小杆线虫，呈粉红色，似蚯蚓，体长1毫米左右，主要从培养料和水源带入。
　　 防治方法：培养基灭菌要彻底，水源要干净，喷水不宜过湿，常通风，发生线虫时，用5%石灰水或1%食盐水喷洒几次，同时往地面上撒石灰粉消毒。
　　 三、常见病害防治
　　 1.畸形菇：大脚菇—菌柄粗而短，菌盖肥厚，原因主要是高温品种制棒较迟，出菇时遇低温影响而形成，防治措施主要是选用的品种要符合对温度的要求，合理安排生产季节。空心柄菇—菌柄空心柔软，菌盖小，出菇密而成丛，原因菌筒失水严重，空气湿度偏低，气温偏高而导致幼菇脱水空心。防治措施主要是每采完一潮菇后及时补水处理，以搬动惊蕾补充水分。螺盖菇—菇盖如田螺大小，原因是高温品种生理尚未成熟而又在低温条件下催蕾出菇；低温品种生理尚未成熟又在高温条件下催蕾出菇；培养料中氮源过多。防治措施主要是对症处理，找出致病原因，安排好出菇期，出现的螺盖菇要及时除掉以保养分，待温度适宜时再出菇。
　　 2.萎烂菇：在菇蕾期出现萎烂现象，主要因菇棚湿度过大，杂菌侵入造成烂菇，有的属病毒性为害使菌丝退化，造成子实体腐烂，二氧化碳含量过高等。防治方法：调节温度，不受高温侵害；控制湿度，菇棚相对湿度保持90%左右，菌棒含水量60%左右；经常检查，除根，局部涂石灰水或新洁尔灭。