收菇后的菌糠仍含有大量水分，不宜久存，应及时挑选后晒干或烘干，让水分降至11%以下进行妥善保存。也可将新鲜合格菌糠进行青贮，随取随用。方法是挖宽50~60厘米、深50厘米、长度随意的土坑，内铺塑料膜，放入10厘米厚的菌糠，糖面撒一层盐，盐上再放菌糠，直至突出地面5~10厘米为止，层层压实，上盖塑料膜，发酵5~50天后可取用。盐的用量为鲜糠重的0.5%。