对覆土材料进行有效处理是防止带菌进棚的重要环节。
    （1）阳光暴晒。选择覆土材料后，在硬化地面进行暴晒，随时翻动，使土粒直径保持在0.5厘米以下。或在盛夏休闲期将废旧的温室及塑料大棚设施密闭，把覆土材料放置其中，摊开。用地膜覆盖，维持1个月，利用阳光产生的热量消毒。
    （2）蒸气消毒。这种消毒方法因其消毒效果好，无化学污染而在欧美等国家广泛推广应用。①专用高压蒸汽消毒。用专用的高压锅产生高压高温蒸汽，通过导管直接导入到覆土材料中。②用普通蒸笼或土蒸锅对覆土材料进行消毒，70～75℃保持2小时即可。
    （3）用菇丰或多菌灵消毒。用量为每100米2栽培面积用覆土300～500克，将药剂均匀喷洒在覆土材料上，再闷堆5天后使用。