食用菌的品种与栽培方式的关系非常密切，如果不能掌握栽培品种的生物特性，不能科学选择栽培方式，则难以获得理想的生产效果。
    平菇、姬菇：主要有立体在栽培、畦式、菌墙式栽培等方式。不同方式产出的商品质量区别较大，立体栽培方式的产品含水率较低，表面洁净，质量较高，但生物学效率偏低；后二者商品菇水分大，有的还带有泥沙，尽管生物学效率较高，但现少有采用。
    草菇、鸡腿菇、双孢菇、大肥菇、姬松茸、大球盖菇：覆土栽培品种，尤其鸡腿菇“不覆土不出菇”的特性，更是显示了覆土的重要性。该类品种的主要栽培方式为畦式平面栽培，占地面积大，不太适宜规模化生产。也可采取架式立体栽培，但操作略有不便，并且建造成本较高，适宜企业化生产。
    香菇、灵芝：主要有层架出菇和平面覆土出菇两类方式，前者主要适宜培育商品价值高的菇品，如花菇，后者主要为提高产量和培育大型灵芝子实体（如盆景等）。
    黑木耳、毛木耳：这两个品种的栽培，前些年主要方式为大棚架栽或吊带出耳，近年由于“地栽”技术的推广，产量的提高和管理的简便显示了该技术的优越性，所以，现在的生产多为露天地栽模式。
    金针菇、真姬菇、茶薪菇、杨树菇、柳松菇：该类品种多为立体栽培或架栽，前者分为两头出菇或单头出菇。
    猴头菇、杏鲍菇、白灵菇、阿魏菇：小规模的多采用立体栽培、两头出菇方式，企业化生产多是单头出菇模式，以求得高质量鲜菇。
    天麻、猪苓：食药用菌中，这是两个纯地下生长的药用菌，而且都需要蜜环菌伴生，终生不见阳光，其特殊的生物学形状决定了栽培方式的无法改变和管理上的不便。必须认真掌握其品种的特性，根据季节、温侯、地理等条件进行恰当的管理，方能收到理想的生产效果，
    北虫草：食药用菌中相对较贵的品种，多采用玻璃瓶层架方式进行出草，关键是最大限度的保障温度和通气。生产中，菌种的传代次数一般应控制在3代以内。