为金针菇催蕾时，先拉动袋口，使袋膜离开料面，以增氧催蕾。然后将袋两端接种处明显较大的菌种块去掉,菌种块上先生长出来少量而大的幼菇也应及时拔去。否则，一方面会使多数小菇得不到营养，另一方面会影响菇蕾的全面生长。此阶段最重要的是湿度,应采取一切措施使湿度增为90%-98%。因为该阶段原基形成的数量直接影响到最终的产量，而湿度越大原基形成就越多。当通风和保湿发生矛盾时，应把保湿放在第一位。如果发菌和出菇在同一场地,应在催蕾之前连续通风2-3天，以完全排除发菌期间产生的废气。一旦拉动袋口，就应少通风，加大湿度。
    此外在本阶段,温度应调控在8℃-13℃，保持适当的散射光，刺激原基的形成。