随着食用菌栽培的发展，食用菌生产中的病害频发，并伴发交叉感染，持续生产的难度越来越大，给菇农造成很大的损失。所以做好生产环境的消毒处理，对食用菌栽培成功至关重要。
一、在生产区内采取消毒杀菌措施，对栽培棚外包括操作场地周边，清理卫生，对厩厕、垃圾等需严格清理，尤其要彻底清理污染菌袋以及菌糠废料等，并喷洒高浓度多菌灵、辛硫磷混合液等进行杀菌杀虫，环境差的要连续处理两次。
二、新菇棚的消毒处理棚内可使用百病去无踪、辛硫磷等药物，一般用量为1袋百病去无踪配50克辛硫磷，喷30平方米左右，在地面、墙体以及立柱等喷洒，然后密封菇棚，卷起草苫晒棚，密封2天后即可进袋发菌或出菇；发菌和出菇期间的预防用药，可每5天左右喷洒一次蘑菇杀病灵或百病去无踪，但注意不要直喷子实体。
三、旧菇棚的消毒处理连续使用多年的菇棚，棚内不可避免地存有相当数量的杂菌和病原菌孢子以及害虫，因此，彻底进行消毒处理非常必要。首先用浓石灰水进行整体涂刷消毒，然后可按1袋百病去无踪配40克辛硫磷药物，喷洒20平方米左右，然后密封菇棚，卷起草苫晒棚，密封2天后，再次用药并继续密闭晒棚，2～7天后，方可进袋发菌或每立方米空间采用15毫升甲醛配敌敌畏10毫升进行熏蒸。