发菌管理是指从接完种到香菇菌丝长满料袋并达到生理成熟这段时间内的管理。发菌场地的环境要暗，强光和直射光对菌丝有抑制和杀死作用。温度最好控制在28℃以下。开始不要翻动菌袋，第13-15天进行第一次翻袋，这时每个接种穴的菌丝体呈放射状生长，直径在8-10厘米时生长量增加，呼吸强度加大。这时由于菌丝生长产生的热量增加，要加强通风降温，最好把发菌场地的温度控制在25℃以下，为了降低温度，白天加厚遮盖物，晚上揭去遮盖物；菌袋培养到30天左右再翻一次袋。一般要培养45-60天菌丝才能长满料袋。这时还要继续培养，等到菌袋内壁四周菌丝体出现膨胀，有皱褶和隆起的瘤状物，并逐渐增加，占整个袋面的2/3，手捏菌袋瘤状物有弹性松软感，接种穴周围稍微有些棕褐色时，表明香菇菌丝生理成熟，就可转入菇场转色出菇。