进入晚秋，气温下降，木耳已停止生长，应把耳木从架上取下来，按“井”字形堆放，加盖树枝或薄膜，以免淋雨积水，损伤菌丝。
    在寒冷的北方和高山地带，可将耳木集中放在背风、向阳、干燥的场地上，平卧于地面，让耳木在积雪下越冬，依靠积雪和地温的保护，耳木内的菌丝能安渡寒冬，避免耳杆结冰，破坏木材结构，损伤菌丝。到第二年3～4月间耳芽发生，再散起架进行管理。