在香菇、 猴头、 木耳等生产实践中应用二次套袋技术（即在菇筒出灶时加套一层薄膜袋，使袋内菇筒不直接接触环境空气）进行生产，可以有效地解决菌筒生产过程中交叉感染的问题，使菌株成活率保持在97％以上。现将该技术介绍如下：
    外袋的准备：外袋宜选用周长大于内袋周长2厘米、长度比内袋长5厘米、厚度为0．2丝的低压聚乙烯薄膜袋，一头打结封口待用。
    及时套袋：料筒经过高温灭菌出灶时，边取出边用外袋套好，并拧紧袋口搬入培养室，将料筒温度降至25℃以下。注意：料筒出灶后要迅速装入外袋，避免其与外界环境接触时间过长而感染杂菌。
    接种操作：接种时，在接种室或接种箱内解开外袋，向封闭一方推动，拉开4／5后进行接种，接种完后马上套好外袋拧紧放置。
    适时脱去外袋：在培养过程中注意培养室温度，待菌筒菌丝发至80％左右时脱去外层袋，按常规生产方法管理。