菌糠经适当加工处理所制成的内含一些食用菌菌丝体、经食用菌分解的纤维素、半纤维素、木质素及食用菌酶解作用的生物转化过程中所产生的多种糠类、有机酸类、酶类和生物活性物质的复合物，所含营养成分丰富。广泛应用于家禽、家兔、养猪、养牛、养羊、水产养殖业领域（中国饲料原料信息网）。制作沼气；菌糠生产的沼气即可作为燃气还可用于储粮、水果保鲜等；沼渣用于育秧；沼液用于浸种亦可作为猪饲料添加剂。制作肥料：菌糠肥施入土壤后，可改善土壤理化性质，增加土壤有机质含量，促进农作物抗腐能力和增产。且可减少化肥的过量使用引起许多负效应。菌糠中提取可利用的物质从：提取食用菌多糖、寡糖、多肽、纤维素酶、歧化酶等好原料。
   作为食用菌栽培的部分替代料，栽培秀珍菇、金福菇和鲍鱼菇。作活性炭：一般多用木屑作栽培料的食用菌产生的菌糠来制作活性炭，是因为这样的菌糠纤维素和木质素含量丰富。