菇蚊蝇是食用菌生产中的重要害虫，特别在双孢菇、平菇、茶树菇、秀珍菇等主要菇种的生产中经常发生，一般造成的产量损失为15%-30%，严重时甚至绝产。
    菇蚊蝇包含多个种类，本市食用菌生产中以蕈蚊、粪蚊、瘿蚊和蚤蝇等为主。菇蚊蝇主要以幼虫为害食用菌的菌丝体和子实体，常爬行于菌丝之间咬食菌丝，使培养料发黑、变松、下陷，菌丝由白色变成黄褐色，造成出菇困难。出菇后，幼虫从菇柄基部取食为害，并逐渐蛀食到菇体内部，以原基和幼菇受害最重，被害菇变褐后呈革质状，且幼虫造成的伤口容易被病菌感染而腐烂。菇蚊蝇成虫不直接取食为害食用菌，但常携带病菌、线虫和螨类出入菇房，造成间接为害。菇蚊蝇食性杂，喜腐殖质，常集居在不洁净之处，如垃圾、废料、死菇和老根上。菇蚊蝇的卵、幼虫、蛹主要随培养料或覆土进入菌床，成虫则直接飞入菇房繁殖产卵。
    菇蚊蝇以幼虫钻蛀为害，且个体小、为害隐蔽、适生能力强、繁殖速度快，食用菌生产中一旦发生为害很难彻底控制，特别是平菇、茶树菇等菌袋生产中药剂防治往往难于施用，加之国内已登记可在食用菌上使用的杀虫剂非常有限，导致防治效果不理想。许多试验表明，一些杀虫剂对食用菌的菌丝和子实体生长有不同程度的抑制作用，此外，由于食用菌子实体生长周期短，如果不严格按照使用方法使用和执行安全间隔期，化学防治易造成农药残留超标，存在食品安全的风险。
    因此，根据菇蚊蝇发生特点，想对其进行有效的防控就必须以预防为主，防重于治，防治方法采取以物理防治为主的综合防治措施。
    1.搞好栽培场所及周边的环境卫生，消除虫源：及时清除废料、收获后的菇根、烂菇等，严禁堆放在菇房周围，可堆沤后作废料；生产结束后或开始前，选用敌敌畏等烟剂进行棚室熏烟灭虫或喷洒杀虫剂杀虫，减少虫源、确保生产环境安全。
    2.物理阻隔，防止成虫飞入菇房：菇房门口、窗口、通风口安装40目或40目以上的防虫网，把菇蚊蝇成虫阻挡在菇房外，避免其发生和为害。
    3.物理诱杀，监测、杀灭进入菇房的成虫：利用菇蚊蝇成虫的趋光性，在菇房内安装菇蚊蝇诱虫灯或悬挂黄板，监测并杀灭成虫。
    4.优先选用生物药剂防治，严格执行安全间隔期：菇床、菌袋用药，必须选用高效低毒、低残留的无公害药剂，用药应在菇体采摘后进行，以免造成药害或残留超标，用药后要适当控制出菇时间，严格执行农药安全间隔期，避免子实体中药剂残留超标。生物药剂可选用0.1%鱼藤精，或5%天然除虫菊素，或Bti（苏云金芽孢杆菌以色列变种）粉剂等。