菇蚊蝇以幼虫钻蛀为害，且个体小、为害隐蔽、适生能力强、繁殖速度快，食用菌生产中一旦发生为害，很难彻底控制，特别是平菇、茶树菇等菌袋生产中药剂防治往往难于施用，加之国内已登记可在食用菌上使用的杀虫剂非常有限，导致防治效果不理想。许多试验表明，一些杀虫剂对食用菌的菌丝和子实体生长有不同程度的抑制作用，此外，由于食用菌子实体生长周期短，如果不严格按照使用方法使用和执行安全间隔期，化学防治易造成农药残留超标，存在食品安全的风险。
    因此，根据菇蚊蝇发生特点，想对其进行有效防控，就必须以预防为主，防重于治，防治方法采取以物理防治为主的综合防治措施。